Die Mannschaft wurde 1999 gegründet, nachdem im Vorjahr die beiden Mannschaften der Yokohama Marinos und Yokohama Flügels vereinigt wurden. Gründer waren die Fans der Flügels, die es ablehnten die neuen Yokohama F. Marinos, also im Grunde den bisherigen Lokalrivalen, zu unterstützen. Mit zahlreichen Spenden wurde daher von den Fans der Trägerverein Yokohama Fulie Sports Club ins Leben gerufen, der schließlich das erste von Fans getragene Team für den Profifußball auf die Beine stellte. Da die Farben blau-weiß der Yokohama Flügels bereits von den F. Marinos verwendet wurden, entschied sich der Verein die Farbe Zyan der ehemaligen Werksmannschaft NKK F.C. zu übernehmen. Der Verein stammte zwar aus Kawasaki, spielte aber einige Spiele im heimischen NHK Spring Mitsuzawa Football Stadium, wenn das eigene Stadion von anderen Klubs wie Verdy Kawasaki, Toshiba oder Fujitsu benutzt wurde.

Die ersten zwei Jahre musste das Team allerdings in der unterklassigen Japan Football League verbringen. Als Trainer konnte man den bekannten Deutschen Pierre Littbarski gewinnen. Präsident des Vereins wurde Yasuhiko Okudera, der 1977 der erste japanische Fußballprofi in Europa war. 2001 rückte die Mannschaft dann in die zweite Division der J-League auf. Mit den weiterhin nur sehr mäßigen finanziellen Mitteln hielt sich der sportliche Erfolg zunächst auch in Grenzen. Die Mannschaft stand daher nach der Saison 2005 kurz vor dem Zusammenbruch, als sie die Spielzeit wieder nur auf dem elften Platz von zwölf Mannschaften beenden konnte.

2006 änderte sich dies schlagartig: Nachdem man alle Vorbereitungsspiele, größtenteils gegen Studentenmannschaften, verloren hatte und schließlich auch das erste Saisonspiel verloren ging, entschied sich der Verein zu einem frühen Trainerwechsel. Der bis dahin als Trainer unbekannte Takuya Takagi krempelte die Mannschaft um, vor allem um die Defensive zu stärken. Das Ergebnis waren 15 ungeschlagene Spiele in Folge. Die Mannschaft, die um Altstars wie Kazuyoshi Miura, Shōji Jō, Motohiro Yamaguchi und Norio Omura aufgebaut war, schaffte damit den Sprung an die Spitze der zweiten Liga. Dieser dramatische Aufstieg sorgte auch immer mehr für Aufsehen unter Fußballfans im ganzen Land. Ein Grund dafür war auch, dass die finanziellen Möglichkeiten des Clubs noch immer sehr dürftig waren. So gehörten die Spieler vom Yokohama FC in dieser Zeit zu den wenigen japanischen Fußballprofis, die ihre Trikots selbst waschen und ihre Fußballschuhe selbst putzen mussten; dies änderte sich erst mit der Unterstützung des Cateringunternehmens Leoc als Hauptsponsor des Vereins. Die Saison konnte der Klub erfolgreich als Meister abschließen und stieg nach nur sieben Jahren zum ersten Mal ins Oberhaus auf.

Dort konnte sich der Verein aber nicht etablieren und stieg mit einer enttäuschenden Leistung bereits 5 Spieltage vor Saisonende wieder ab. Entscheidend griff das Team aber noch in den Meisterkampf ein: Mit dem Sieg über die Titelverteidiger der Urawa Red Diamonds am letzten Spieltag ermöglichte der Verein den fünften Titelgewinn der Kashima Antlers.

• Japan Football League

Sieger: 1999, 2000

• J. League Division 2

Meister: 2006

Vizemeister: 2019

Der Verein trägt seine Heimspiele im NHK Spring Mitsuzawa Football Stadium (jap.三ツ沢公園球技場, „Mitsuzawa-Park-Ballsportstadion“) in Yokohama in der Präfektur Kanagawa aus. Das Stadion, dessen Eigentümer die Stadt Yokohama ist, hat ein Fassungsvermögen von 15.454 Zuschauern.

Koordinaten:35° 28′ 12,1″ N,139° 36′ 5,5″ O35.470027777778139.60152777778

Stand: Februar 2022

• Offizielle Vereinsseite
• Yokohama FC in der Datenbank von transfermarkt.de
• Yokohama FC in der Datenbank von soccerway.com

1. Kader Yokohama FC. In: transfermarkt.de. Abgerufen am 28. Februar 2022.